Doktorski studij Filozofije
U prosincu 2019. provedena je reakreditacija doktorskoga studija Filozofije. Na temelju postupka reakreditacije, odnosno procjene dokumenta Samoanalize, posjeta visokom učilištu i razgovora predviđenih protokolom posjeta Stručnog povjerenstva (15. listopada 2019.), Stručno povjerenstvo dostavlja izvješće u veljači 2020., u kojem Akreditacijskom savjetu Agencije za znanost i visoko obrazovanje (u nastavku Agencija) preporuča izdavanje pisma očekivanja s rokom uklanjanja nedostataka do tri (3) godine u kojem bi visoko učilište trebalo provesti nužna poboljšanja u područjima: internoga sustava osiguravanja kvalitete, potpore doktorandima i napredovanja tijekom studija te programa i ishoda doktorskoga studija. Fakultet hrvatskih studija je 17. lipnja 2020. Agenciji dostavio Očitovanje o izvješću Stručnoga povjerenstva, nakon čega je Agencija u veljači 2021., uz prethodno mišljenje Akreditacijskog savjeta, donijela preporuku ministru nadležnom za znanost i visoko obrazovanje. Na temelju navedene preporuke, Ministarstvo znanosti i obrazovanja je 17. siječnja 2022. godine izdalo potvrdu o ispunjavanju uvjeta za izvođenje ovog doktorskoga studija, uz naknadno praćenje te izradu akcijskoga plana u roku od šest mjeseci i izvještavanje Agencije o njegovoj provedbi jednom godišnje. Akcijski plan za unapređenje kvalitete studija prihvaćen je na Fakultetskom vijeću te dostavljen Agenciji u siječnju 2023.
Doktorski studij Povijesti
U listopadu 2017. provedena je reakreditacija doktorskoga studija Povijesti. Na temelju postupka reakreditacije, odnosno procjene dokumenta Samoanalize, posjeta visokom učilištu i razgovora predviđenih protokolom posjeta Stručnog povjerenstva (6. prosinca 2017.), Stručno povjerenstvo dostavlja izvješće u veljači 2018., u kojem Akreditacijskom savjetu Agencije za znanost i visoko obrazovanje preporuča izdavanje pisma očekivanja s rokom uklanjanja nedostataka do jedne (1) godine u kojem bi visoko učilište trebalo provesti nužna poboljšanja u područjima: nastavničkih i istraživačkih kapaciteta, internoga sustava osiguravanja kvalitete, potpore doktorandima i napredovanja tijekom studija te programa i ishoda doktorskoga studija. Nakon preporuke Agencije i odgovora Fakulteta hrvatskih studija na isto iz lipnja 2019., Ministarstvo znanosti i obrazovanja u siječnju 2021. dostavlja Pismo očekivanja s rokom uklanjanja nedostataka od jedne godine. U prosincu 2021. Fakultet dostavlja izvješće o uklanjanju nedostataka utvrđenih u reakreditaciji doktorskoga studija Povijesti sukladno navedenom Pismu očekivanja. Temeljem dostavljenog izvješća Agencija izdaje preporuku ministru nadležnom za znanost i visoko obrazovanje koji u srpnju 2022. izdaje potvrdu o ispunjavanju uvjeta za izvođenje ovog doktorskoga studija, uz naknadno praćenje te izradu akcijskoga plana u roku od šest mjeseci i izvještavanje Agencije o njegovoj provedbi jednom godišnje. Akcijski plan za unapređenje kvalitete studija je u izradi te će u vrijeme predaje ove Samoanalize biti upućen Fakultetskom vijeću na usvajanje.
Doktorski studij Kroatologije
U listopadu 2017. provedena je reakreditacija doktorskoga studija Kroatologija. Na temelju postupka reakreditacije, odnosno procjene dokumenta Samoanalize, posjeta visokom učilištu i razgovora predviđenih protokolom posjeta Stručnog povjerenstva (6. prosinca 2017.), Stručno povjerenstvo dostavlja izvješće u veljači 2018., u kojem Akreditacijskom savjetu Agencije za znanost i visoko obrazovanje preporuča izdavanje pisma očekivanja s rokom uklanjanja nedostataka do jedne (1) godine u kojem bi visoko učilište trebalo provesti nužna poboljšanja u područjima: nastavničkih i istraživačkih kapaciteta, internoga sustava osiguravanja kvalitete, potpore doktorandima i napredovanja tijekom studija te programa i ishoda doktorskoga studija. Nakon preporuke Agencije i odgovora Fakulteta hrvatskih studija na isto iz lipnja 2019., Ministarstvo znanosti i obrazovanja u siječnju 2021. dostavlja Pismo očekivanja s rokom uklanjanja nedostataka od jedne godine. U prosincu 2021. Fakultet dostavlja izvješće o uklanjanju nedostataka utvrđenih u reakreditaciji doktorskoga studija Kroatologija sukladno navedenom Pismu očekivanja. Temeljem dostavljenog izvješća Agencija izdaje preporuku ministru nadležnom za znanost i visoko obrazovanje koji u rujnu 2022. izdaje pismo očekivanja s rokom uklanjanja nedostataka tri godine. U listopadu 2022. Fakultet hrvatskih studija dostavlja Agenciji izvješće radi izdavanja potvrde o ispunjavanju uvjeta za izvođenje doktorskoga studija te se u narednom razdoblju očekuje odgovor Agencije i nadležnoga Ministarstva.